ב-1848 וחקיקת חוקים נאורים אשר נתנו ליהודים שוויון זכויות מלא, גדלה האוכלוסייה היהודית בבוקובינה באופן משמעותי, ובשנת 1880 הגיעה לכדי 11.79% מכלל האוכלוסייה.
עם פלישת הגרמנים ובעלי בריתם בהם הרומנים, לברית המועצות ( 22 ביוני 1941 ) גוייסו אלפי יהודים לצבא האדום, אבל רוב היהודים אף המגוייסים שבהם נותרו בעיר, מכיוון שלא הועמדו לרשותם אמצעים מיוחדים להסעה, ונפלו לידי הצורר הנאצי. גם היהודים המעטים שהוצאו מבוקובינקה או הצליחו להימלט לפנים ברית המועצות, נלכדו בדרכם מזרחה בידי צבאות גרמניה ורומניה.
כבר לפני בוא הצבא הרומני לצפון בוקובינה החלו הפּרעות ביהודים בכפרים רבים שהצבא הסובייטי נסוג מהם ושעדיין לא הגיעו אליהם יחידות הצבא הרומני. התארגנו כנופיות איכרים, בעיקר אוקראינים, וביוזמתן שדדו, עינו, אנסו ורצחו מאות ואלפי יהודים. וכאשר הגיעו למקום החיילים הרומנים התחיל מסע הרג נוסף בו רצחו אלפי יהודים בכפרים שכבשו.
ב-5-6 ביולי נכבשה בוקובינקא והגרמנים ערכו את הטבח הראשון בעיר, והוציאו להורג מאות יהודים, בעת ובעונה אחת חוללו יחידות גרמניות פרעות בכל מחוז צ′רנוביץ, בישובים היהודים שלאורך הדניֶסטר נרצחו מאות יהודים בידי אוקראינים שבאו מגליציה, ויהודים נהדפו בידי הרומנים והגרמנים אל העֵבֶר השני של הנהר, ושם נרצחו בדם קר. כ-15,000 יהודים נרצחו בגל הרציחות ההוא.
ב 21- ביוני 1941 החלה הוצאת היהודים בדרום בוקובינה מן העיירות והכפרים, הפינוי, נעשה על פי שרירות ליבם של השלטונות המקומיים, הנשים, הזקנים והטף נשלחו בדרך כלל למחנות בדרום-מערב רומניה. על הקהילות הקטנות הוטלה החובה לדאוג להחזקתם. לאחר צאתם את בוקובינה הדרומית נשדד כל רכושם.
ב 30- ביולי הוצא צו מיוחד מטעם המושל בדבר ענידת הטלאי הצהוב. הלשכה הצבאית שפעלה ליד המושל ובראשהּ רב-סרן סטֶרֶה מארינֶסקוּ הוציאה לפועל באכזריות את כל ההוראות נגד היהודים ואף הוסיפה הוראות משלהּ.
ב 4- באוגוסט נעשה נסיון ראשון לגרש יהודים מבוקובינה לטרנסניסטריה. המשלוח הראשון כלל יהודים מסטרוֹרוֹז′ינֶץ והסביבה. הז′נדרמים הרומנים רצחו 200 מהם בהטבעה במימי הדניֶסטֶר.
ב 12- באוקטובר 1941 החלו הגירושים רובם נשלחו למחנות שאולתרו בחופזה בצפון בֶּסַרַבְּיָה, והם מחנות סֶקוּרֶן, אֶדִינֶץ ומַרְקוּלֶשְׁט, ורבים מהמגורשים נספו שם. אותם שלא נספו במחנות גורשו בין 9 באוקטובר 1941 ל 31- בחודש זה לטרנסניסטריה. עד 15- בנובמבר 1941, גורשו 57,000 יהודים מבוקובינקה כולהּ, ועוד רבים נהרגו במקום.
כיום חיים בבוקובינה מעט יהודים, רובם בחלק האוקראיני של צפון בוקובינה
